直屬部會
宗教與文化部
宗教與文化事務部是1959年流亡政府剛建立時第一批成立的機構，其職責主要是照顧各教派寺院的建設和僧侶的生活、學習以及傳承西藏傳統文化等。此外它還作為西藏佛教的權威機構，向那些對西藏佛教及其歷史發展感興趣者，提供情況資料，以及向世界各地之藏傳佛教寺院或團體，根據他們的要求，提供包括派遣經師在內的各項服務。
現階段，宗教與文化事務部還負責與世界各地的宗教團體，或與各種宗教進行聯繫溝通，以及在世界宏揚佛法之重責大任。特別是在中國政府不斷在西藏境內加緊實施削弱和消滅西藏文化與宗教的政策，使西藏文明面臨存亡絕續之際，宗教與文化事務部的職責變得尤為重要。
宗教與文化事務部歷來由內閣中分管宗教與文化事務部的噶倫直接領導。目前不僅在印度、尼泊爾和不丹重建了包括西藏各教派的寺院二百餘座----其中哲蚌寺、色拉寺各自都有三、四千名憎侶，而且還在世界各國建立了一些寺院和一千餘個宗教組織。為了真正提高各寺院的整體素質，宗教與文化事務部還將幾百名從西藏師範學校和達蘭薩拉西藏因明學院畢業的青年或憎侶分派到各寺院任教。
除了宗教與文化事務部一直從事西藏世俗文化的重建工作，不僅為繼承宗教與文化傳承的寺院、經學院和教育行業等應給予支持和提供便利，而且還在繼承和宏揚西藏遠古的文化，包括戲劇、金屬的鍛、錘、鑄造以及繪畫等諸領域培養了許多掌握原來已經瀕臨失傳之傳統技藝的新一代西藏人。
宗教與文化事務部還與世界各國佛教團體保持密切聯繫，多次出席國際佛教會議。該部還是國際佛教協會和亞洲佛教和平大會之會員。
宗教與文化事務部還先後召開多次西藏宗教會議，例如於2000年12月1日在達蘭薩拉的諾布林卡召開的是西藏第七屆宗教會議。大會不僅討論了過去四十年來各教派的發展狀況和中共對佛教和憎尼的鎮壓等問題，而且還就未來西藏民主與宗教的並存以及西藏佛教如何面對未來等領域進行了具實質性的討論。這次有各教派領袖和高憎學者出席的會議就西藏佛教的發展和其他重大事項做出了許多具有重要意義的決定，使西藏佛教進一步得到完善和發展。
內政部
內政部是1960年成立的，當時，為了防止流亡藏人流散各地，為了保護西藏的宗教文化傳統習俗和保持藏人的凝聚力，西藏政教領袖達賴喇嘛在流亡初期就向印度總理尼赫魯提出為流亡藏人提供地方以及幫助建立定居點的要求。在獲得印度政府的積極回應後，在印度政府有關部門的積極配合下，內政部作為對口單位直接負責安排流亡藏人的定居工作，從1960年在麥索爾建立了第一個藏人定居點開始，到目前近四十年裡，在印度、尼泊爾及不丹各國已建有以農為主的定居點26處，以手工業為主的定居點16處，以及10家工廠和12個零散定居點。另外，還有與當地居民雜居的藏人。
除了具體管理和照顧在印度、尼泊爾和不丹境內的流亡藏人。內政部的工作範圍從起初與印度政府的有關部門聯繫，安置流亡藏人到現在主要為流亡藏人提供就業機會和訓練以及管理流亡社區等其工作涉及絕大部份流亡藏人。
目前流亡藏人的安置工作已經結束，據統計，流亡藏人人口已超過128000人，他們都根據個人的能力及愛好，服務於工農商或社會服務等行業，基本上已能自給自足。
歸屬內政部管轄的流亡藏人定居點由1﹕農業定居點、2﹕工業定居點或手工業合作社、3﹕寺院、4﹕學校或其他教育行業、5﹕自謀生計者聚居點、6﹕零散居住區、7﹕其他等七個類別所組成。
其中第五和六類的定居屬於在安置期間流亡藏人自行聚居目的而形成的定居點，其他則包括歐美在內的在世界各地之流亡藏人。
除了在國外的流亡藏人由西藏政府駐外辦事處代行管理職責而外，其他各類藏人定居點的地方行政主管、行政主管助理、手工業合作社經理等都要直接對內政部負責和接受內政部的領導。
目前內政部在各定居點的投資主要以改善流亡藏人的居住條件、水利建設以及提高農牧生產水平為主，包括示範和開發栽種果樹或其他經濟作物以及為新一代年輕人提供相關的職業訓練等綜合項目。此外，對於孤寡老人或病患者以及無人保護且不能自立者，設立了專門的養老院，解決了許多社會問題，效果顯著。
平時，內政部通過定期視察走訪，調查居住在印度和尼泊爾及不丹等國的西藏難民之真實境況，然後再根據情況尋求解決的途徑。農業定居點普遍設有合作社，農民每年生產的產品出售和購買農藥種子等等都是由合作社統一安排，其利潤直接分配給農民，為農民帶來不小的利益，效果顯著。
教育部
1959年達賴喇嘛流亡印度後，為了保護西藏民族的傳統文化，為了讓西藏流亡兒童接受現代教育，達賴喇嘛謝絕了印度總理尼赫魯鑒於將西藏流亡兒童分送到印度各個學校就學的建議，提出為了保存和發展西藏的傳統文化教育，西藏孩子必須在接受現代科學文化知識的同時接受傳統文化的教育，為此要求單獨設立獨立的流亡藏人教育體系，達賴喇嘛的要求獲得印度政府的善意回應和積極的支持。
為了具體落實達賴喇嘛的構想，西藏流亡政府設立了教育部，並於當年集中50名流亡孩童交給茶仁老師，於1960年3月2日正式在流亡社會創辦了穆蘇里西藏學校，其後又創辦了達吉嶺和西姆拉西藏學校、達蘭薩拉西藏兒童村等。到目前為止共有87所學校，其中有40所小學、24所初中和21所高中以及大學等，在校生超過27000人，教師近兩千名。從這些學校畢業的學生根據自己的志願可以進入印度各高等院校和西藏瓦那納斯等佛教綜合學院畢業後，在西藏流亡政府各部門或在教育、衛生、財政、政務、法律研究等各行各業中為社會服務。另外，西藏教育部至今已經安排一千多名學生到外國高校學習。
教育部主要負責流亡藏人兒童的教育工作。它同印度新德里中央藏校管理會（原藏人學校協會）密切協同，旨在為藏人兒童盡可能提供最先進的教學設備。
中央藏校管會是在尼赫魯總理的直接關照下，於1961年在印度教育部屬下單獨註冊成立的專門協助建立西藏學校的一個獨立機構。根據新德里中央中等教育理事會制訂的教學大綱給各藏校提供教科書，而藏文科數則由西藏流亡政府教育部編輯出版。
教育部還負責向印度和世界其他國家中的各類大學或專科學校選送學生。並根據學生的學習成績向學生提供接受特殊技能、專業、工業技術或高校教育的機會，對無力交納學費者提供進一步深造的獎學金。
教育部遵循聯合國人權宣言中的兒童權益，為流亡藏人的全部適齡兒童提供接受基礎教育的機會。為了發展教育事業，要制定切實符合西藏基本需求的教育政策。發展政府或民間所屬的各全日制和寄宿制學校，課程要設法逐漸實現以藏語文授課（目前六年級以下完全由藏文教學，由於環境的限制，六年級以上的教學採用藏英文交替，並逐漸增大英文教學時間的方式，因為絕大部份從流亡藏人學校畢業的學生上大學只能報考印度各大學，而其教學語言是英文），此外特別注重在初級教育的課程中安排傳統或宗教中有關善良品行的內容，保證為青少年提供接受現代教育和繼承傳統文化的機會。
目前，累積至少有65580餘學生在各學校中接受了西藏宗教及傳統文化為主的現代科技文化知識，使流亡社會的入學率超過百分之九十九，整個教育體系和整體文化素質已甚與世界先進國家看齊。從八十年代開始，已經有不少的流亡藏人根據自己的財力向學校繳納學費，目前絕大部份在流亡社會長大的孩子都要根據家庭的經濟狀況繳納數目不等的學費，但家境貧寒的孩子依然可以享受免費教育。而從西藏新近流亡的孩子和孤兒則完全是免費的。
教育部還通過《西藏學生聯誼通訊》同所有大、中學校中的藏民學生保持聯繫，有關教育方面的重大動態也刊登在這個《通訊》上。
附屬教育部的教育出版社是1961年根據達賴喇嘛的建議而創立，主要出版與傳統或母語教育有關的出版物，包括所有西藏學校1至12年級的藏文課本和其他用藏文教授的課程之課本、課外讀物和歷史名著等藏文出版物。在過去的幾十年裡，教育出版社前後出版了無數包括各教派教義和民間故事、詩歌、散文以及《格薩爾王傳》等藏文典籍，其中還包括著名的被稱為藏文大藏經或西藏百科全書的《甘珠爾》《丹珠爾》。
1999年教育出版社從達蘭薩拉遷到新德里，目前擁有全套現代化的印刷裝訂等設備，是單獨註冊的正規出版社。
財政部
財政部於1969年正式成立，其職責是全面管理流亡政府的財政金融工作，主要負責為西藏流亡政府的運作籌集資金以及為西藏流亡政府各部門及其下屬機構在限定的期限內編列預算和管理他們的財政收支情況等事宜。
財政經濟部所屬企業一直從事規模不小的商業活動、從事編織地毯、生產各種手工業品和出版大量有關西藏歷史、宗教、文化等方面的書籍，在各旅遊點設立「西藏飯店」以及經營藏香、哈達、顏料、皮毛和藏人定居點生產的優質穀類產品等商業活動，為西藏政府的運轉發揮了不可低估的作用。此外，還經營許多福利性的非盈利項目的合法經營。
經營項目雖以基金會、西藏政府福利會或財政部的名義登記註冊，但其經營、監督核算、審計等等統一處於財經部的直接掌控下。
自1972年7月30日開始在流亡社會發起西藏自由正義運動以來，流亡藏人開始自覺向西藏流亡政府納稅，另外還有經常性的捐獻等，由此產生人手一本《自由手冊》，一般情況下，六至十八歲的流亡藏人每年要繳納三十六盧比，十八歲以上每年增加十盧比，教師或公務員則以工資總額的百分之二或基本工資的百分之四為繳交金額。平時財政部負責把稅票寄出去後，由各地方的「西藏自由正義運動小組」負責收款。因此，藏人的《自由手冊》作為納稅證明，也是選舉中獲得投票權的憑證。
除此而外，達賴喇嘛辦公室的撥款和由流亡藏人開設的手工業聯合中心，地毯廠以及藏人聚居區的合作社等單位每年徵收一定比例的年度純利潤（大約所得的百分之十五）以及各地私人攤販捐款等都是財政部的重要收入來源，這些款項都作為發展公集金在支持西藏流亡政府的財政。如有不足，則由內閣設法籌措。
衛生部
西藏醫學曆算院原來由十三世達賴喇嘛於1916年在拉薩藥王山成立，當時西藏政府以派差的方式從各個地區徵調學生，經過幾年的藏醫診斷、採藥、配藥等全套訓練後返回自己的家鄉進行救死扶傷的崇高事業，從而使一段時期西藏各個農村都普遍有了藏醫。
1959年拉薩戰役中，藏醫曆算院被中國炮兵炸成廢墟，隨後中共在原址建立了自來水公司等機構，那些分散在西藏各地的藏醫被作為迷信和四舊的象徵而遭到逮捕或清算，西藏醫學面臨後繼無人，即將滅絕的狀態，為了挽救和宏揚西藏傳統的醫學知識和傳承，西藏流亡政府於1961年3月23日在達蘭薩拉重建了西藏醫學曆算院，當時僅有一名醫生和一名曆算家，1966年12月第一批藏醫學生完成學業；1968年12月，第一批學習曆算的學生畢業。到1970年，藏醫曆算院中心有13名醫生和曆算專家，到1980年，已經有了23名醫生和七名曆算專家以及23名醫護人員或其他工作人員。同年成立藏醫曆算研究院。1983年10月，藏醫院第一次為對西藏醫學感興趣的外國學人舉辦培訓班，據當年的統計，各地的藏醫院總計為64427名病人進行治療，對一些貧弱者減免醫療費用達115877盧比。
除了藏醫，目前西藏衛生部所屬的還有八所大型西醫醫院和68所門診醫院，以上總計117所醫院。
西藏流亡政府於公元1981年單獨設立衛生部，這也是西藏流亡政府七大部門中成立最晚的一個部。衛生部主要擔負著全體流亡藏人的衛生保健責任。其所屬西醫或藏醫院平時以治療為主，同時加強預防工作。不僅使流亡藏人受益，也使藏人居住區附近的當地居民得益。
西藏政教領袖達賴喇嘛的保健工作，也由西藏藏醫院的兩位醫師和達蘭薩拉德勒醫院的一位西醫負責。
為保護繼承和發展西藏特殊的醫學文化，藏醫院附設藏醫曆算學院，注重向青年一代提供學習藏醫曆算的機會。迄今（2000年）為至，已有179名青年完成藏醫曆算學業，在世界各地為患者服務。目前，藏醫院所屬各醫院有358名工作人員，其中包括110名醫生，16名曆算專家和232名醫護人員。藏醫院還設有製藥廠、藏醫曆算研究室、藥物研究所和編輯出版社等機構。在流亡社會，65歲以上的老人和新近流亡者以及貧弱者都能享受免費醫療；對憎侶和學生只收半價，僅此一項每年的開支就達50萬盧比以上。1999--2000年的經費超過三千七百六十九萬盧比。
衛生部除了管理上述醫院還負責對群眾進行衛生教育，飲食衛生，防止肺結核，對病殘貧弱者安裝義肢，對新近流亡藏人中遭受中國軍警嚴重傷害摧殘者設法提供醫療服務和技術培訓以及就各項醫療建設或設備尋求資助等等。
除了極少數嚴重的痼瘠絕症以外，對大部分疾病的治療效果顯著。甚至一些現代醫學棘手難愈的疾病，卻通過藏醫治療而痊愈，從而使許多不同地域和傳統背景的人，都得以分享西藏醫學的成果服務。
安全部
安全部於1959年設立，其主要職責是負責西藏政教領袖達賴喇嘛的警衛工作，保安部還負責掌握和通報中共在西藏之動向，了解和掌握西藏境內的情況，經常向噶廈及其他有關人員介紹西藏境內新近的情況和對西藏問題進行專門的研究。
達賴喇嘛駐錫地安全分局，這是安全部下屬的機構，主要從藏軍中挑選精幹人員組成警衛部隊，由安全部進行指揮，其職責主要是和印度政府以國家元首的待遇配置的警衛以及地方政府提供的保安機構一同專門負責達賴喇嘛的安全，其中分局還特別負責在達賴喇嘛法會講經說法或接見群眾時維持秩序和保安。
在上達蘭薩拉（Mclod Ganj）設有分局，主要是登記和初步甄別以及安排來自西藏的新難民和周邊地區藏人、印度人等一般人民與國際友人拜見達賴喇嘛。另外，還負責達蘭薩拉地區藏人聚居點藏人的福利問題和治安工作。
附﹕安全部所屬單位
一﹕西藏研究中心
西藏研究中心為安全部下屬的西藏研究機構，主要負責對整個西藏範圍內的情況進行分析研究、搜集資料以及及時發現和向上級單位報告情況，將中文資料翻譯成藏文，收聽有關西藏的電台等。西藏研究中心還負責出版《內部資料》，是一份雙月出版的資料簡報。
二﹕西藏難民接待中心
西藏難民接待中心設在達蘭薩拉，同時在尼泊爾首都加德滿都和印度首都新德里設有分支機構。在尼泊爾的難民接待站負責接待通過尼泊爾逃亡的新難民，從八十年代以來，從西藏逃亡國外的新難民絡繹不絕，近幾年便每年多達三、四千人。這些難民絕大部份是通過尼泊爾再轉輾流亡印度的，他們一到尼泊爾首都，就可以得到流亡政府難民接待站的照顧，包括提供衣食住行以及其他的醫療和與有關方面交涉等服務，隨後由接待站出資護送新難民來到印度德里，在德里的難民接待站根據尼泊爾難民接待站出具的證明，不僅為新難民安排食宿，而且要保證將他們安全送到達蘭薩拉，其途中費用一律由接待站支付。
在達蘭薩拉的新難民接待中心設有幾百個床位，新難民到這裡可以享受為期半年的免費醫療和生活照顧，接待中心除了統一安排拜見西藏政教領袖達賴喇嘛而外，根據每個人的意願做出安排，一般情況下，十四歲以下的孩子送入正規學校，十四歲至十八歲之間的青少年可以接受速成教育，他們畢業後可以和一般學校的學子一樣參加印度全國的統一考試，十八歲以上二十八歲以下的青年則根據他們自己的意願前往難民接待中心所屬的文化喜苑（成人學校）接受為期五年的教育，主要以藏文和英文為主，同時還設有電工、木匠、裁縫等手工訓練和電腦等課程，旨在為大多數沒有接受過教育的西藏青年掃盲並為他們進行生存機能的培訓。這些西藏孩子在校期間一直到十二年級為止，包括其衣食住行等都是免費的，以後考入大學的將根據得分則有提供獎學金。
除了上學還有很多為了學校佛教經典而流亡的僧尼，難民接待中心都會根據他們所屬的教派為他們安排進入寺院或經學院。對其他的流亡藏人，接待中心也會給予適當的安置或提供幫助。
外交與新聞部
西藏流亡政府外交與新聞部（初期稱西藏外交部）於1959年在穆蘇里恢復成立，1960年隨達賴喇嘛搬遷到達蘭薩拉，由於達蘭薩拉地處偏僻交通不便，與外界聯繫較困難，因此，兩年後流亡政府撤銷了在達蘭薩拉的外交部辦公室，決定外交事宜統一由西藏政府駐德里辦事處負責處理。
隨著形勢的發展，鑒於向國際社會介紹西藏問題的重要性，西藏政府與1972年成立新聞部。
1989年西藏問題在國際上越來越引起重視，基於原有的機制難於適應新的情況，西藏流亡政府決定將新聞部與德里辦事處的外交工作合併組成外交與新聞部。
外交與新聞部作為六百萬西藏人的代表和喉舌，主要負責與政治有關的外交活動和通過各種途徑向國際社會介紹西藏問題和西藏民族的訴求以及西藏民族所經歷和正在經歷的苦難等。
外交與新聞部內部分工不分家的原則，分設兩個秘書長，分別主管外交與新聞，並設有中國部、印度部、環境部門等專職部門，定期出版的刊物包括英文和中文版雙月刊《西藏通訊》，藏文月刊《知識》，藏文周報《自由西藏》以及不定期地發行的《政治簡報》等。近幾年隨著科技的發展，網絡成為最便捷的信息傳播工具，因此外交與新聞部主辦有中文網站《西藏之頁》和英文、藏文、印度文的網站等。此外，還有定期發行介紹西藏流亡政府和其他內容的錄影帶，這些錄影帶不僅廣為傳播，而且會在流亡社區的各定居點免費播放。效果顯著。
附屬外交與新聞部的有西藏政府電腦室、納塘出版社和西藏博物館。 電腦室的職責是負責保養和維修西藏流亡政府所屬各機構的電腦和管理流亡政府所屬的網絡等工作。其工作人員絕大多數都經歷過專業學習。電腦室建有以藏英印中四種文字專門介紹西藏流亡政府的網站，網址是﹕www.tibet.net。
納塘出版社是西藏流亡社會最大的出版社，有工作人員二十餘人，該部門從原來的活字排版到目前從排版、印刷到裝訂均已經實現了半自動化，其印製的出版物質量遠遠勝過當地的出版部門。
西藏博物館於2000年4月在達蘭薩拉大乘法苑附近落成，目前博物館主要是以照片和文字以及幻燈片等介紹西藏的歷史以及中共侵佔西藏以來西藏人民所經歷的苦難和不屈的戰鬥歷程。其獨特的設計和內容獲得好評。
此外，1990年外交與新聞部成立人權處，專職負責向聯合國和國際社會介紹西藏的人權狀況，並在流亡社會進行人權教育，取得顯著成績。1996年人權處單獨註冊為非政府組織並不斷壯大，目前已經成為流亡社會獨立的人權組織，不歸屬外交與新聞部領導。