獨立機構
中央選舉委員會
一九九一年五月份，在西藏政教領袖達賴喇嘛的提議下召開了包括噶廈、第十屆議會、流亡政府各部門之秘書長和藏人聚居區行政官員、各學校校長以及合作社負責人和其他推選的代表等近四百人參加的特別會議，會議除了決定增加議會席位，還決定成立憲法委員會和選舉事務署。
選舉事務署負責組織和監督流亡社會的所有選舉工作，根據《流亡藏人憲章》的有關規定，設立獨立的選舉事務署是為了: （1）人民議會之議長、副議長和議員以及內閣首席大臣（噶倫赤巴）的選舉； （2）其他憲章規定的選舉事項； （3）涉及國家重大事情而需要經過全民公投等有關的選舉工作。
根據《流亡藏人憲章》的有關規定，選舉事務署設主管（總督）一名，由達賴喇嘛直接委任。選舉事務署所需工作人員，應經與該署主管（總督）協商後，由內閣根據所需而派任。
在議會議員的選舉或其他的選舉工作期間，自開始到結果正式公布之前需增設兩名主管協助，增設的兩名主管助理由達賴喇嘛委派公職人員選任委員會主任或者審計署主管兼任或是另做新的任命或卸職的退休者亦可任命。
根據《流亡藏人憲章》的有關條款，選舉工作和與選舉有關的所有爭議之調查、決定均由選舉事務署做出，如對選舉事務署的決定不滿，只能向最高法院提出訴訟，其他下級法院不得受理。地方選舉工作以及有關的爭議可以由地方選舉部門作出調查決定。如對地方選舉單位的決定不滿，可向中央選舉事務署申訴，對中央選舉委員會的決定仍不滿時，可以向最高法院提出申訴。
選舉事務署主管之任期，除非經議會議員總數三分之二以上通過要求變更選舉事務署主管並經過達賴喇嘛批准，否則，任職期為五年或者不超過六十五周歲為限〔兩者中誰先為準〕。選舉事務署主管離職或發生變更後，不得在政府所屬利益部門任職。
公職人員選拔委員會
根據1991年頒布的《流亡藏人憲章》，於1992年2月11日成立了西藏政府公職人員選任委員會，根據《流亡藏人憲章》的有關規定，設立獨立的公職人員選拔委員會是為了選任西藏流亡政府的主管公職人員。
該委員會設主任委員一名和兩名至四名的委員，由達賴喇嘛直接任命。委員會的職責就是根據議會的有關規定，制定公職人員的選任、培訓、調遣以及待遇和職責等規章制度。並根據各部門的需求，酌情選拔、任免政府公職人員。
該委員會通過噶廈，向達賴喇嘛提交季度報告，匯報職員調動及其他變動情況。 根據職權和為了方便工作，目前西藏流亡政府的公務員職銜分為十個級別﹕
1.秘書長
2.助理秘書長
3.副助理秘書長
4.副秘書長
5.助理副秘書長
6.各科負責人
7.各科室行政管理員
8.高級職員（科級秘書）
9.低級秘書
10.一般工作人員和駕駛員等
公職人員選任委員會根據流亡政府文職人員法任用、提拔、調動政府公職人員，並將助理秘書長以下職員錄用名單編印成冊，上報內閣，由內閣遴選並決定批準正式錄用名單。秘書長以上官員由內閣提名，需經達賴喇嘛陛下批準。必要時，選任委員會有權直接指定臨時工作人員。
選任委員會在選用自願在政府就職的職員時，除了對預選者進行藏語和英語筆試外，還要在其他方面進行考核。考場設在達蘭薩拉或其他藏人聚居區，一般由當地的行政主管（福利官）或其他的地區官員來進行監考。考試結束後，還要進行面試，並根據考生的考試成績、經歷和學歷擇優錄取。必要時，選任委員會還要視情開辦新職員訓練班。新職員的見習期為一年。
目前，在西藏流亡政府各部門工作的絕大部分公務員都是通過考試擇優錄取的。
另外，除了某些具體情況外，全體公務員都要從多數人的利益和福利出發，按照西藏文職人員法規定，定期更換工作、地點。這樣做之所以勢在必行，一是由於可以使每個公務員盡可能接觸更多的人，積累更多的經驗；二是由於可以培養他們在各種氣候、條件和環境下工作的能力。
在提升使用公務員時，選任委員會首先要考慮提拔對象的資歷，其次考慮他們的工作能力和經驗。如果有個別職員不按公職人員的規章辦事，腐化墮落，對政府缺乏忠心，則要受到開除公職等處分。
公職人員退休年齡為55歲，但個別情況特殊者也可推遲退休年齡。退休職員可享受退休金待遇，退休金按原工資百分比計算。
另外，公職人員選任委員會主任委員和其他委員的任職以五年為期滿或是年齡不得超過65周歲為限。選任委員會主任委員在卸職、退休或發生變更後，不得在政府所屬利益部門任職。
審計總署
審計署原是財政部的一個分屬單位，1975年從財政部分離出來成為一個獨立機構。
根據《流亡藏人憲章》的有關規定，設立獨立的審計署是為了對流亡政府及政府所屬部門之收入、支出以及由政府撥付經費之組織的開支依法進行審核。
審計署對政府和政府所屬各部門以及政府撥出經費之組織的每年收支帳目、結果和報表等依法為審計對象的全部文件和帳目具有進行審核、管理與質詢的權利和責任。
審計署設主管一名，由達賴喇嘛直接任命，並依法在達賴喇嘛尊前舉行宣誓就職儀式。
審計署從全年貨幣核算完成的法定期限開始在七個月內要完成審計並將注明審核過的帳目退還各部門，再由各部門將注明審核過的帳目、報表、說明連同年終貨幣核算在九個月內呈報給人民議會。
審計署還要檢查核算中央秘書處各部門及其在印度、尼泊爾、不丹等地所屬機構的帳目，並向藏人聚居區、手工業中心及其他藏民機構派出審計員，定期檢查帳目或進行年度核算。
審計署主管的任期為十年或年齡不得超過六十五周歲。審計署主管的免職必須是（1）西藏政教領袖達賴喇嘛在與內閣協商後認為需要變更；（2）經西藏議會三分之二以上議員通過要求罷免並經過達賴喇嘛批准。